Диагностика АИГ основывается на результатах клинического, серологического и иммунологического исследований и исключении других заболеваний печени, протекающих с аутоиммунным компонентом или без него, в частности хронического гепатита С, токсического или алкогольного гепатита, неалкогольного стеатоза, болезни Вильсона, гемохроматоза и недостаточности otj-антитрипсина. В дифференциальный диагноз следует включить также криптогенный гепатит (хронический гепатит неясной этиологии). У больных криптогенным гепатитом при серологическом исследовании вирусные маркеры и аутоантитела не обнаруживают. Какая часть этих больных страдает АИГ без выявляемых при серологическом исследовании антител, не ясно. Если имеются признаки холестаза или иммуносерологические маркеры АИГ, в дифференциальный диагноз следует включить также первичный билиарный цирроз печени и первичный склерозирующий холангит. Гистологическое исследование само по себе недостаточно для подтверждения диагноза, но позволяет определить стадию заболевания и активность воспалительного процесса.