Аутоиммунный процесс представляет собой Т-клеточный иммунопатологический ответ, сопровождающийся образованием антител к ауто(нео) антигенам и повреждением ткани в результате воспаления. Пусковым механизмом аутоиммунного процесса является опосредуемое молекулами HLA II класса представление специфических антигенов-пептидов Т-лимфоцитам антигенпредставляющими клетками. Под действием цитокинов Т-лимфоциты активируются и дифференцируются в Т-хелперы типа 1 (Тн1) или типа 2 (Тн2). Полагают, что в инициации аутоиммунного ответа важную роль играют провоспалительные цитокины. Это подтверждается тем, что аутоиммунные заболевания часто сопряжены с вирусной или бактериальной инфекцией.
Другим фактором в патогенезе аутоиммунного процесса служит молекулярная мимикрия. Так, антигенная детерминанта цитохрома Р-450 на В-лимфоцитах, которая является мишенью анти-LKM антител, имеет аминокислотную последовательность, гомологичную антигену IE 175 вируса простого герпеса
В норме иммунный ответ протекает под жестким контролем регулирующих систем. Гомеостаз Т- и В-лимфоцитов, а также удаление аутореактивных Т-лимфоцитов происходит с помощью апоптоза. Поэтому нарушение регуляции апоптоза может инициировать АИГ и другие аутоиммунные перекрестные синдромы. Оно может индуцировать аутоиммунную реакцию против структурных элементов клеток или привести к утрате способности уничтожать аутореактивные клетки.
В развитии АИГ играют роль и генетические факторы. Так, полиморфизм промотора гена ФНО-а, гена компонента С4 комплемента, антигена 4 цитотоксических Т-лимфоцитов и других генов, влияющих на гомеостаз лимфоцитов, способствует развитию аутоиммунного процесса. Согласно одной из гипотез, наследование определенных аллелей HLA II класса, модифицированных в критических сайтах, — важное звено в патогенезе АИГ. Подтверждением роли генетических факторов является и то обстоятельство, что у 10-18% больных с аутоиммунным полиэндокринным синдромом I типа выявляют хронический гепатит. Этот синдром передается по аутосомно-рецессивному типу, обусловлен мутацией в гене AIRE и характеризуется аутоиммунным поражением различных органов, но преимущественно эндокринных желез.