Бытующее мнение о том, что бактерии играют роль в образовании лишь коричневых пигментных камней, в последнее время пересматривается. С помощью методов молекулярной биологии в большинстве холестериновых камней удается выявить ДНК бактерий. Бактерии, возможно, образуют биологическую пленку, которая служит матрицей для осаждения кристаллов холестерина и образования камней, и влияют на литогенность желчи, изменяя активность фосфолипазы, секрецию муцина, простагландинов и оксистеролов. В последние годы в кишечнике, желчи и даже в желчных камнях человека и экспериментальных животных были выявлены некоторые представители рода Helicobacter. Более того, у мышей линии C57L, лишенных патогенных бактерий, образования желчных камней, несмотря на литогенную диету, не наблюдалось. Несмотря на все большее количество данных, свидетельствующих о существенном влиянии бактерий и продуктов их жизнедеятельности на образование желчных камней, роль бактерий в патогенезе желчнокаменной болезни еще окончательно не выяснена.